Al final del siglo XXX, todas las razas de nuestra galaxia se expandieron a las lejanas fronteras del vasto universo. Es un momento de libertad y anarquía para el espacio profundo. Un Nuevo tipo de humanoide llamado "hombre mecanizado" comienza a emerger en la Tierra. El hombre mecanizado posee tecnologi­a de avanzada y vida immortal. No obstante, este humanoide a menudo pierde su alma y se vuelve malvado y cruel. Ante sucesos que ponen en peligro la vida de la gente, esta se alza contra el dominio de los cada vez más numerosos inmortales mecanizados. La batalla se extiende por toda la Tierra y al final, los seres humanos "de carne y hueso" son derrotados.

Los hombres mecanizados comienzan a reinar sobre la tierra. Los humanos comienzan a tratar de acomodarse a la vida bajo el control de los inmortales. Algunos encuentran que es posible aceptar las nuevas reglas y tomar el camino mas facil. Otros soportan dias difi­ciles. Y otros dejan la Tierra, esperando encontrar el futuro de la humanidad en alguna parte del universo.

Zero es el comandante de la Flota Independiente, las Fuerzas Armadas de la Tierra. Ha perdido a su familia y amigos en la guerra entre los seres humanos y los hombres mecanizados.
Se ve separado de su mejor amigo, el Capitan Harlock, con quien lucha codo a codo. Ya no tiene esperanzas ni deseos de vivir, ni un objetivo que perseguir en su vida.

Un di­a, Zero recibe la orden del Comandante Supremo: debe perseguir a un pirata especial conocido como el Capitan Harlock. Zero se sorprende. Duda. Detesta esta mision. El Capitan Harlock solo ataca las naves de los hombres mecanizados. ¿Por que deberÃia ayudar a los inmortales? Tras meditarlo largamente, Zero decide aceptar la mision. Este solitario cosmo-guerrero necesita una buena razon para vivir. Necesita encontrar el verdadero significado de su vida como ser humano. Al enterarse de la partida de Zero, el Capitan Harlock aguarda que llegue su viejo amigo, ahora un enemigo inflexible que viene a destruirlo. De alguna manera, sabe que llegara el di­a en que deba enfrentarse a Zero, su antiguo camarada... ¿Que sera lo que universo infinito reserve para Zero?