En 1999 una nave de batalla extraterrestre de dimensiones colosales se estrell? en la Tierra y trajo consigo una tecnolog?a superior. Dicha tecnolog?a lider? el comienzo de una guerra entre las Naciones Unidas y la alianza Anti-Naciones Unidas. Ocho a?os despu?s, muchos pilotos veteranos se perdieron uno tras otro, as? que incluso los chicos en su adolescencia fueron arrastrados al campo de batalla para pelear en la guerra.

Shin Kudo, un j?ven piloto de F14 de las Naciones Unidas, y principal personaje de la historia, es derribado por una aeronave enemiga desconocida durante una batalla, cayendo en una isla solitaria.

En ese momento, una ?nusual reacci?n de energia se detect? en la isla, y dicha reacci?n pudo originarse debido a la tecnolog?a superior tra?da por los extraterrestres mucho tiempo atr?s. Este hallazgo tecnol?gico es muy similar a los restos recuperados de la fortaleza espacial ca?da ocho a?os atr?s.

Ahora, ambos bandos invadir?n la isla con la intenci?n de recuperar la tecnolog?a que ella encierra.