Trata de cómo dos hermanos mellizos de 14 años (Shugo y Rena) ganan un concurso y consiguen dos cuentas de usuario (Kite y Black Rose) para el juego de red on-line más realista del momento, The World con avatares especiales (un Avatar consiste en un personaje jugable) basados en unos supuestos jugadores de leyenda que formaron un grupo llamado .hackers y arreglaron un gran error del juego que hacía que algunos jugadores entraran en coma mientras jugaban hace 4 años.

Como en todo juego de rol los jugadores empiezan con un nivel 1 y durante la historia van conociendo gente, adquiriendo información sobre The World y subiendo nivel mientras cumplen quests (misiones que crean los administradores para entretener a los jugadores) con lo que acaban creando la nueva generación de .hackers.

En esta parte de la historia, Shugo recibe el brazalete de Kite de Aura, y más tarde se encuentra con una extraña IA llamada Zeffie, que dice ser su hija, por lo que Shugo y compañía deciden ayudar a Zeffie a buscar a su madre.

A la vez que esto sucede se va desarrollando una misteriosa trama paralela en la que se mezclan los .hackers originales, los administradores y moderadores del juego, los directivos de la empresa que da acceso al juego, un misterioso brazalete que le entregan a Kite y un misterioso ente de inteligencia artificial llamado Aura.