Basada en la serie de juegos RPG 'Persona' para Playstation, desarrollado por Atlus. Esta ubicado 10 años despues de la historia original del juego 'Persona 3' para el playstation 2.

La historia se desarrolla en La historia se desarrolla en Ciudad Ayanagi, Japon. Es una nueva ciudad futuristica que fue construida en la recuperacion de una calamidad causada por "Apathy Syndrome" diez años atras.

Un estudiante de preparatoria, Kazato Shin (17 años de edad), y su hermano menor, Jun (14 años de edad) conocen a Ryou, quien es el jefe de la policia de la ciudad aunque sea muy joven para el puesto (28 años).

En esos dias, eventos extraños ocurren en Ayanagi; repentinas desaparaciones de toda la tripulacion de un submarino. Las secuelas que dañan el mundo despues de 10 años. El caso de un cadaver de un estudiante.

Ryou investiga a la organizacion detras de estos incidentes. Involucrandose en los incidentes, Shin despierta a la 'Persona'. El engranaje del destino de estos hermanos ahora comienza a moverse.