Earth Girl Arjuna es una historia basada en mitos hindúes e historias de ecología que tratan de dejar una lección de por medio, sin dejar de lado el conflicto de cada personaje involucrado en la historia. La música combinada con la animación 3d contenida en la serie, sin duda, lo que más la favorece, ya que crea una ambientación totalmente realista que sólo tiene por objetivo hundirte más en tu asiento haciéndote preguntas sobre lo que vendrá a continuación.

Todo comienza cuando Juna Ariyoshi, de 15 años, le pide a su amigo Tokio Oshima ver el mar, pero no el mar contaminado de la ciudad de Tokio, si no que desea ver el mar puro y cristalino al otro lado de la montaña. Es así como los dos emprenden un hermoso viaje en motocicleta hasta que una fuerza desconocida los hace volcar, provocando así la muerte de Juna. En medio de la sala de operaciones, ella despierta y puede ver su propio cuerpo flotando justo en el momento en que sus signos vitales cesan. Es entonces despedida a gran velocidad hacia el cielo, observando un hermoso amanecer y, además, viendo cómo criaturas con formas de gusano absorben y destruyen la tierra. Aparece entonces un chico llamada Chris, la cual le ofrece una posibilidad: "Puedo salvar tu vida esta vez, pero sólo si aceptas defender la tierra de Raaja". Ella acepta el trato dudando completamente si será capaz de enfrentar algo tan oscuro. De esa manera, recibe de manos del Chris, la Gota del Tiempo, una piedra preciosa hecha por los seres más poderosos del planeta y que le permite adquirir el poder de la "simpatía con la tierra". Así se convierte en su alterego: Arjuna, el dios del Tiempo, el único ser capaz de salvar a la tierra junto con la ayuda de la organización S.E.E.D a la cual Chris pertenece.