Masaru Daimon, un chico de 14 años con bastante temperamento y conocido entre las pandillas por su naturaleza violenta y su puños, se encuentra inesperadamente con Agumon, un digimon que había escapado de la organización gubernamental secreta DATS. Masaru y Agumon se retan a una pelea, llegando a un empate, por lo que terminan aceptándose el uno al otro. Es entonces cuando comienzan a aparecer digimon en la ciudad, causando estragos. Tras vencer Masaru a un Kokatrimon que se encontraba en una hamburguesería, él y su reciente amigo Agumon, son detenidos y llevados al cuartel de DATS. Esta organización en principio tiene como principal misión la de bloquear la acción de cualquier digimon que aparezca en el mundo real de la manera más silenciosa, llevándolos de vuelta al mundo digital de donde provienen y borrando las memorias de los ciudadanos que han llegado a ver a uno de estos seres. Por tanto, la existencia de los digimon sólo es conocida por los miembros de DATS, de la que Masaru termina formando parte. Junto a él se encuetran Tohma H. Norstein,con Gaomon como compañero, y Yoshino Fujieda, con su compañera Raramon

Tras unas cuantas batallas y casos de corrupción y uso malintencionado de digimon como herramientas, Tohma llega a la conclusión de que en todos los casos, los digimon cumplen el papel de demonios, haciendo realidad los pecados capitales de la gente.