Cuenta una antigua leyenda de las Islas Naranja, que son los tres dioses Pokémon; Moltres del fuego, Zapdos del rayo, y Articuno del hielo quienes mantienen en equilibrio el clima en la Tierra.
Si estos Pokémon sagrados llegaran a ser perturbados, el equilibrio se alteraría y nuestro planeta se volvería un verdadero desastre. Pero cuando esto pasara el gran guardián del mar saldría para poner las cosas en su lugar.
Siempre da la casualidad de que algún desquiciado intenta conseguir a los monstruos mas raros sin importarle una mierda lo que pase con el mundo, en este caso se trata de un coleccionista MUY traumado llamado Geraldin III (Lawrence en occidente) quien pretende apoderarse de los tres dioses para así atraer a su presa principal: Lugia.
En eso Ash, Misty, y Tracey viajan por el archipiélago Naranja (nunca me voy a acostumbrar a esos nombres pedorros), y llegan a una isla bien rarita, llamada Arshia (Shamouti) Island, donde se celebra un festival en honor de la ya mencionada leyenda, y ahí conocen a una Miko (sacerdotisa) llamada Fluura (que se ve que le tiene muchas ganas a Ash) la cual tiene un papel fundamental a desempeñar en dicha celebración.
Resulta que el festival (que era medio hecho en joda y solo para los turistas) terminó por transformarse en algo muy serio por culpa del nombrado coleccionista, y el destino del mundo recae en manos de Ash (estamos jodidos...) quien debe recolectar tres globos de cristal que están ubicados en diferentes islas, y colocarlos en un altar para invocar al guardián del mar, -quien claro, no es otro que Lugia- para prevenir la catástrofe total.

A partir de ahí podemos ver como Lawrence, equipado con altísima tecnología y una desubicada fortaleza voladora, va capturando una a una a las aves legendarias, cosa que por supuesto no tarda en generar un completo caos en nuestro planeta; inundaciones, nevadas, mares tropicales congelados, entre muchos otros desastres.
Eventualmente el magnifico Lugia hace su gran aparición, para ayudar a Ash (quien dicho sea de paso, no está nada feliz con su misión y se lo ve bastante cagado, cosa que le da mucha humanidad al personaje y a la película en sí) en el momento más difícil.