Dos nuevos mundos se han fusionado con el mundo humano, la dimensi?n Shin y la dimensi?n Ma, por ello vemos que existen nuevas razas humanoides de aspecto ?lfico.
Rin es un chico que va al instituto, el cual un buen d?a se entera que una de las dos nuevas alumnas de su clase se convertir? en su esposa.

Las dos alumnas son Sia, de la dimensi?n Shin y princesa de ?sta; y Nerine, de la dimensi?n Ma, tambi?n princesa de ?sta. Adem?s de encontrarnos con personajes misteriosos, encontraremos en Shuffle una shonen t?pico de colegial que se ve envuelto de chicas con la cual no se sabe con qui?n va a acabar, adem?s de pinceladas de magia y mucho fanservice.