Un equipo de cient?ficos usa el ADN de un raro Pokemon, Mew, para crear el Pokemon m?s fuerte del mundo, Mewtwo. No queriendo ser usado como un experimento, Mewtwo usa sus poderes psiquicos en una violenta ira para destruir a los cient?ficos que lo crearon. Despu?s Mewtwo intenta aprender como enfocar sus poderes con la ayuda de Giovanni, el hombre que fund? las operaciones de los cient?ficos, pero descubre que est? siendo usado otra vez. As? Mewtwo decide encontrar su propio prop?sito en la vida, y lleva a cabo su venganza sobre los humanos destruyendo la vida en la tierra usando una tormenta mortal. Ash Ketchum y un grupo de otros Entrenadores Pokemon son convocados por Mewtwo para tener una battalla con el, pero ellos descubren que solo est?n siendo invitados para que Mewtwo pueda clonar sus Pokemon para sus propios prop?sitos. Entonces Ash intenta encontrar una manera de detener el complot de Mewtwo antes de que pueda ser llevado a cabo.